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Jonas Day
J+168
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Patapon
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Numéro AFC : 1634.50
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Hulk
Inscrit le: 09 Oct 2002
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Numéro AFC : 161.92
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 Posté le: 17 Oct 2006 11:07 Sujet du message: |
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| J'avais vu. C'est assez rare, en Europe, bien que géographiquement parlant, Chypre soit en Asie. |
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Séb_59
Inscrit le: 04 Juin 2001
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| Posté le: 17 Oct 2006 11:31 Sujet du message: |
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Salut,
j'avais reçu l'info sur la liste mammi-fr sur yahoo. Un des messages reçus de Jean-Francois Julien :
"Bonjour,
c'est effectivement intéressant, mais les propos de l'auteur "De nouvelles espèces de mammifères sont en général découvertes dans des lieux à la forte biodiversité comme l'Asie du sud-est et on pensait généralement que tous les mammifères d'Europe avaient été identifiés", peut-être déformés par un journaliste, ont de quoi faire bondir les mammalogistes, au moins ceux qui s'intéressent aux chauves-souris. Entre 1996 et 2004 ou 2005 au moins quatre espèces nouvelles de chauves-souris ont été décrites en Europe: Pipistrellus pygmaeus, Myotis punicus, Myotis alcathoe, Plecotus macrobullaris. On peut encore y ajouter Pl. kombalovici, dont le statut était pour le moins douteux. Je n'ai pas suivi ce qui se passe pour les musaraignes et les campagnols mais je ne serais pas étonné qu'il y ait eu là aussi au moins des scissions d'espèces confondues jusqu'alors sinon des découvertes totales, comme pour certaines chauves-souris."
je pense pas que ce soit si rare... connaissant un peu les Mus, il y a pas mal d'espèces qui ont été (re-)découvertes récemment grace à la génétique.
Séb |
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Hulk
Inscrit le: 09 Oct 2002
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| Posté le: 17 Oct 2006 11:43 Sujet du message: |
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Justement, c'est en ça que ce ne sont pas vraiment des découvertes (pour la plupart, au moins). Beaucoup d'espèces de mammifères sont décrites en ce moment sur la base d'un réexamen du génome, mais ils appartiennent à des populations bien connues. Les découvertes authentiques sont rares.
Par ailleurs, je sens qu'on va encore me taxer d'anti-moléculaire, mais je m'interroge sur la validité des espèces basées sur la seule génétique, étant donné la malléabilité des critères de distance moléculaire. Difficile de déterminer précisément quelles sont les parts de génome importantes. Il ne faut pas perdre de vue que même si la notion d'espèce n'est pas rigoureuse, grosso modo, il faut que les individus eux-mêmes se reconnaissent comme n'appartenant pas à la même espèce, autrement dit et pour simplifier la myriade de définition biologiques de l'espèce, que les individus aient une préférence sexuelle "nette" (pas absolue, mais nette) pour ceux qui sont censés appartenir à la même espèce qu'eux, et pas les autres. Or, comment évaluer cette préférence par le seul examen des gènes, même quand cet examen met en valeur d'importantes différences? Je ne dis pas qu'il faut rejeter en bloc ces descriptions d'après génome, mais je m'interroge sur le fait qu'elles aient vraiment toutes le recul voulu. J'ai lu des trucs qui me laissent dubitatif, et qui permettent de penser qu'à ce compte-là, le nombre d'espèces décrites de mammifères risque d'augmenter énormément. Et je ne parle même pas de la propension qu'on a de nos jours à faire de bonnes espèces à partir de simples sous-espèces. |
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Séb_59
Inscrit le: 04 Juin 2001
Messages: 1309
Localisation: Vancouver, BC
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| Posté le: 17 Oct 2006 13:05 Sujet du message: |
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Salut,
attention, je n'ai pas dit que les espèces de Mus, notamment spicilegus ont été décrites uniquement sur une base moléculaire. C'est très loin d'être le cas. C'était il y a bien 30 ans maintenant à Montpellier. Des chercheurs travaillaient sur des mulots (oui c'est pas des souris). Ils allaient les capturer dans la guarrigue et de temps en temps ils attrappaient une souris. A cette époque là, ils ne faisaient très peu de génétique sur l'ADN et ils utilisaient des allozymes. Ils avaient besoin d'un groupe externe à leurs mulots pour faire de la phylogénie. Ils se sont dits, on va pas se casser la tête on va récupérer ses souris sauvages, au moins c'est gratis. Résultat, quand ils ont génotypé ces souris sauvages, ils ont eu une taille d'allèle différente de ce qu'ils s'attendaient à observer chez ces souris. Pire, cet allèle ne correspondait à rien de tout ce qui avait été publié à l'époque sur les souris domestiques. Ils se sont alors posé la question de savoir si c'était la même espèce. De là un vaste programme de recherche a débuté qui prenait en compte, le comportement, l'écologie, des expériences de croisement, de caryotypage, la morpho, etc... et on s'est aperçu qu'il n'y avait pas une mais de nombreuses espèces de Mus à travers l'Eurasie.
Quand aux approches moléculaires, il ne faut pas tout mettre dans le même sac. Perso, je reste très dubitatif devant le développement continu du bar-coding (l'idée est de faire des codes barres génétiques pour identifier les espèces). Aussi bien pour séparer des espèces très distantes génétiquement, il n'y a aucun problème et ça marche très bien, qu'entre espèces proches qui viennent de diverger, à mon avis ça pose problème. La méthode est de comparer les distances génétiques intra-espèces avec les distances génétiques inter-espèces. Logiquement les distances intra-espèces sont beaucoup plus faibles que les distances inter-espèces (c'est ce qui découlle d'un certain nombre de modèles d'évolution moléculaires et c'est ce qui est généralement observé).
Tu critiques le fait que les distances génétiques sont très malléables. Mais justement les données de type ADN ne sont pas malléables, il y a peu de plasticité phénotypique sur l'ADN, alors que la morpho.... Et la caractérisation des espèces à partir de moléculaire ne fait pas appel qu'aux distances génétiques, mais aussi à de nombreux outils statistiques (certains sans faire appel à des distances génétiques) et se basent sur un certain nombre de modèles d'évolution moléculaire et de génétique des populations et ces modèles fonctionnent très bien. Une distance génétique seule ne signifie rien. Il faut un patron de ditribution du polymorphisme particulier pour pouvoir conclure quelque chose. Et on n'est jamais à l'abri d'une erreur d'interprétation, généralement du à un manque de données.
Tu poses la question de savoir quelle est la part de génome qui est importante, mais ce n'est pas la bonne question. Toutes les parties sont importantes. La question est plutôt quel marqueur permettra de séparer les espèces. La réponse est n'importe quel marqueur génétique neutre, non soumis à la sélection, et suffisamment polymorphe pour montrer des différences et pas trop polymorphe pour ne pas tomber dans l'homoplasie.
Séb |
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Hulk
Inscrit le: 09 Oct 2002
Messages: 1504
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Numéro AFC : 161.92
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| Posté le: 17 Oct 2006 16:04 Sujet du message: |
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Séb, tu exprimes les mêmes choses que moi sur le fond (sauf sur un point), bien qu'il y ait des différences d'appréciation.
| Citation: |
Tu critiques le fait que les distances génétiques sont très malléables. Mais justement les données de type ADN ne sont pas malléables, il y a peu de plasticité phénotypique sur l'ADN, alors que la morpho....
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Forcément, le phénotype n'est que l'expression d'une partie du génotype, alors que le génotype est un tout. Mais c'est là qu'il y a un début de différence d'appréciation: les gènes exprimés sont, dans l'ensemble, plus importants pour une barrière sexuelle que ceux qui ne s'expriment pas.
| Citation: |
Et la caractérisation des espèces à partir de moléculaire ne fait pas appel qu'aux distances génétiques, mais aussi à de nombreux outils statistiques (certains sans faire appel à des distances génétiques)
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D'accord, j'ai fait simple, mais ça reste fondamentalement de la statistique sur des gènes auxquels tu donnes une importance différente de celle que se donnent les individus eux-mêmes pour leurs préférences sexuelles, n'es-tu pas d'accord?
| Citation: |
Tu poses la question de savoir quelle est la part de génome qui est importante, mais ce n'est pas la bonne question. Toutes les parties sont importantes. La question est plutôt quel marqueur permettra de séparer les espèces.
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C'est là que je ne suis pas d'accord. Reprends-moi si je dis une bêtise, mais pour moi les parties ne sont pas toutes de la même importance, puisqu'une bonne part du matériel génétique est sans influence, sans parler des gènes qui sont simplement récessifs. De plus, tu te contredis en écrivant: "ce n'est pas la bonne question" et "quel marqueur permettra de séparer les espèces". Si tu recherches un marqueur d'importance spécifique, c'est que tu lui donnes plus d'importance qu'à d'autres, non?
| Citation: |
La réponse est n'importe quel marqueur génétique neutre, non soumis à la sélection, et suffisamment polymorphe pour montrer des différences et pas trop polymorphe pour ne pas tomber dans l'homoplasie.
Séb |
Pourquoi forcément un marqueur neutre? Eclaire ma lanterne. Tu es plus au fait des recherches en ce sens que moi, mais en quoi un marqueur doit-il être neutre? Si nous parlons de la même chose, ça reviendrait à marquer avant tout les gènes de peu d'expression ou de peu d'importance au détriment de ceux qui ont subi un saut évolutif crucial. Sauf erreur de ma part, les espèces dont l'environnement est très stable n'évoluent pas ou très peu, alors même que leur génome continue à "s'enrichir" de données superflues. A côté de ça, une forte pression de sélection peut conduire à la modification d'un très petit nombre de caractères et des gènes qui y sont liés, et cette modification peut être immense. C'est pour ça que les taxons anciens ont une variabilité génotypique nettement supérieure aux taxons jeunes, et c'est pour ça qu'un taxon ne peut être défini uniquement en termes de durée d'évolution.
En bref, lorsque deux souris (au hasard, je ne connais pas du tout les cas que tu cites) se rencontrent, ce qui va les motiver ou non pour faire crac-crac ensemble, ce n'est pas leurs différences génomiques, qu'elles ne perçoivent pas, mais des caractères externes. S'il se trouve qu'aucun caractère externe (aspect, comportement, odeur) n'a évolué d'une population à l'autre, même si leurs génomes ont divergé, il n'y aura pas de barrière spécifique (sauf celle d'une éventuelle inviabilité). Inversement, l'acquisition d'un seul caractère externe très marqué peut induire une préférence sexuelle entre individus extrêmement proches, avec un risque de "dé-spéciation" faible. Ce petit quelque chose apparu fortuitement enclenchera une vraie différenciation, là où des millénaires de dérive génétique ne donneront pas forcément naissance à des espèces différentes.
Une fois de plus, je ne suis pas en train de remettre en cause l'utilité des méthodes moléculaires, mais d'insister sur le fait que c'est le point que je viens d'évoquer qui doit être le fil conducteur du raisonnement, et pas le seul fait de répondre à des statistiques plus ou moins élaborées. Si l'espèce était définissable uniquement par des statistiques, ça se saurait, et toi-même n'aurais aucune raison d'être réticent vis-à-vis d'un "code-barre" spécifique. |
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Florent.De.Gasperis
Anim
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Charly EON
Inscrit le: 01 Juin 2001
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| Posté le: 17 Oct 2006 22:57 Sujet du message: |
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Aprés les définitions de l'espéce basées sur des données morphométriques puis génétique, Maitre Hulk introduit la définition crac-cracométrique de l'espèce....C'est sans doute une dérive freudienne ...
Sur ce, bonne nuit ....et bomnne méditation à défaut... |
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Hulk
Inscrit le: 09 Oct 2002
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| Posté le: 18 Oct 2006 07:57 Sujet du message: |
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| Charly EON a écrit: | | ...Maitre Hulk... |
Bien, bien, tu es en progrès, mais messire eût été préférable, surtout venant d'un chevalier.
Blague à part, mon critère "crac-cracométrique" est tout ce qu'il y a de plus sérieux, il correspond à l'une des multiples définitions biologiques de l'espèce. Ces définitions sont peut-être passées de mode au profit de définitions plus statistiques, mais même ces dernières ne résoudront pas le fait que l'espèce n'est pas une entité rigoureuse. Peut-être introduiront-elles une précision accrue? Je n'en sais rien. Mais il faut surtout qu'elles restent en conformité avec les phénomènes de spéciation eux-mêmes, qui partent avant tout de l'isolement reproducteur.
Pour Florent, non, je ne suis pas au courant de cet oiseau colombien. De quoi s'agit-il? |
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Florent.De.Gasperis
Anim
Inscrit le: 04 Aoû 2001
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Charly EON
Inscrit le: 01 Juin 2001
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| Posté le: 18 Oct 2006 23:28 Sujet du message: |
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| Citation: |
Bien, bien, tu es en progrès, mais messire eût été préférable, surtout venant d'un chevalier. |
Le dit chevalier n'a point eu de descendant malgré une vie fort aventureuse...Bref absolument aucun lien de parenté...
| Citation: | | Blague à part, mon critère "crac-cracométrique" est tout ce qu'il y a de plus sérieux, il correspond à l'une des multiples définitions biologiques de l'espèce. . |
Je ne doute nullement que tu connaisses tes classiques ( Darwin , Mayr)
Bonne nuit et bonne spéciation .... |
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Hulk
Inscrit le: 09 Oct 2002
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| Posté le: 19 Oct 2006 09:47 Sujet du message: |
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| Charly EON a écrit: |
Le dit chevalier n'a point eu de descendant malgré une vie fort aventureuse...Bref absolument aucun lien de parenté...
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Et pour cause, sa vie sexuelle était pour le moins ambiguë. C'était le chevalier d'Eon... teuses manies. Il y avait une petite dose de raillerie dans mon allusion (comme d'hab., on ne se refait pas  ).
| Citation: |
Je ne doute nullement que tu connaisses tes classiques ( Darwin , Mayr)
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Pas tant que ça, à vrai dire, je ne pensais pas du tout à Mayr. Tu fais bien de m'en réveiller le souvenir. |
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Séb_59
Inscrit le: 04 Juin 2001
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| Posté le: 21 Oct 2006 12:58 Sujet du message: |
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Salut,
pas eu le temps de répondre avant... la rédaction de thèse, c'est....    et il y a beaucoup de choses à dire
| Hulk a écrit: |
D'accord, j'ai fait simple, mais ça reste fondamentalement de la statistique sur des gènes auxquels tu donnes une importance différente de celle que se donnent les individus eux-mêmes pour leurs préférences sexuelles, n'es-tu pas d'accord?
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tu confonds deux choses.
D'un côté tu as des individus qui appartiennent à différentes espèces et qui utilisent un certains nombres de signaux pour choisir leurs partenaires sexuels. Ils n'ont pas conscience de l'existence des espèces. J'en veux pour preuve que les chiens s'insèrent dans les familles humaines comme s'ils vivaient dans une meute de chiens/humains. Ils traitent à peu près de la même façon un chien et un humain. Si tel individu ne correspond pas au stéréotype idéal de l'autre sexe, il ne va pas se reproduire avec. Pour cela il analyse (inconsciemment) la morphologie de l'autre, son comportement, ses odeurs, son chant, etc... mais les caractères utilisés sont ceux soumis à la sélection sexuelle et non à la sélection naturelle (dans un sens général).
De l'autre, tu as les humains qui perçoivent des groupes différents selon leurs propres critères et qui vont définir des espèces "morphologiques" différentes. Il faut bien séparer la diversité perçue (qui varie d'un individu ou d'une personne à une autre) de la diversité réelle qui correspond à des vrais isolement reproducteurs entre espèces.
Un systématicien qui a échantillonné des individus et qui veut savoir s'il y a une ou plusieurs espèces dans ses échantillons doit les analyser de manière objective et essayer d'approcher le maximum possible de la diversité réelle. Il va faire de la morphométrique, des études comportementales et/ou de la génétique ou utiliser encore d'autres approches. A chaque fois il devra utiliser des méthodes statistiques pour éviter de tomber dans le subjectif. Il va peut-être observer un ou deux ou trois groupes, ou même plus. S'il a deux groupes différents c'est que certains caractères sont différents. Lui a vu une différence qui peut justifier une séparation en deux espèces, mais est ce que les individus qu'il a échantillonnés considèrent que cette différence est suffisante pour qu'ils ne se reproduisent pas ensemble ? autrement dit est ce que tel mâle qui a un long nez pourra se reproduire avec telle femelle qui n'a pas un long nez parce qu'ils ont des nez différents ? c'est impossible de le savoir directement (en tout cas c'est très compliqué et très lourd de tester tous les caractères). Il existe des méthodes indirectes qui permettent d'en avoir une idée (j'en parle après)
| Hulk a écrit: |
Pourquoi forcément un marqueur neutre?
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Si tu prends des caractères soumis à sélection, ça ne marche pas car tu analyses les pressions de sélection et non l'isolement reproducteur. Prenons par exemple la coloration des guppies mâles. Tu prends une population qui vit dans un ruisseau sans prédateur. Tu auras des mâles hyper-colorés. Une autre population dans un cours d'eau infesté de Crenicichla et pas très loin du premier cours d'eau (disons 1 km), tes mâles seront très peu colorés. Quand tu compares les deux populations, tu vas constater que tu as deux groupes qui correspondent parfaitement à tes deux cours d'eau. Tu peux conclure, puisqu'ils sont différents, que ce sont des espèces différentes. Alors que les différences (qui sont au passage très importante dans la sélection sexuelle et la reconnaissance du partenaire sexuel) ne sont dues qu'à la sélection.
Si tu prends ensuite deux populations très éloignées (disons 500 km), tu ne verras presque pas de différence dans la coloration des mâles et tu concluras que c'est la même espèce. Mais en fait les différences de coloration ne reflètent pas la divergence entre tes populations. Elles ne reflètent que des pressions de sélection différentes. La sélection fout systématiquement le bazar dans les données, elle peut augmenter extrêmement ou diminuer à l'extrême les différences entre deux populations et empêchent de voir d'autres effets comme un isolement reproducteur.
Si on reprend l'exemple des guppies et qu'on considère des gènes neutres, par exemple des microsatellites. Tu constateras très peu de différences entre les individus des deux premiers cours d'eau (l'un sans crenicichla et l'autre avec) parce qu'il y a des migrants qui passent d'une population à l'autre régulièrement (au moins les femelles qui sont moins soumises à la prédation que les mâles). Par contre entre les deux cours d'eau sans Crenicichla, même si les pressions de sélection sont les mêmes, tu trouveras des différences très nettes parce que ces populations sont très éloignées et peu d'individus migrent de l'une à l'autre. Mais ces différences seront beaucoup plus faibles que si tu comparais deux espèces différentes qui se sont séparées il y a suffisamment longtemps (par exemple tu aurais une distance de 0,1 entre les deux premiers cours d'eau, une distance de 1,5 entre les deux cours d'eau sans prédateurs et une distance de 6 à 7 entre deux espèces différentes selon le temps depuis lequel elles ont divergé). Si tu ajoutes des populations entre tes cours d'eau les plus éloignés tu verras que la distance génétique entre tes populations augmente avec la distance géographique qui les sépare et que finalement tu as un continuum, alors qu'avec la coloration, ça part dans tous les sens.
L'utilisation d'un marqueur neutre, donc non-soumis à la sélection permet de mesurer l'isolement reproducteur ou le nombre de migrants entre les populations. L'objectif n'est pas de voir s'il y a des différences mais de savoir s'il y a des échanges de gènes (via la reproduction). Pour un marqueur soumis à sélection, tu ne peux pas le faire et il n'est donc pas utilisable. De plus, la sélection ne va affecter qu'une petite partie du génome, alors que l'isolement reproducteur va affecter tout le génome (y compris les régions soumises à sélection dans lesquelles il n'est simplement pas possible de le détecter). Je n'accorde pas plus d'importance aux parties neutres du génome, mais ce sont les seules exploitables pour détecter un isolement reproducteur.
En fait, on part du postulat qu'il existe des espèces et que ces espèces impliquent un certain nombre de choses sur la composition génétique ou phénotypique d'une espèce. Ce sont ces choses que l'on teste. Mayr donne la définition d'une espèce : un ensemble d'individus similaires qui se reproduisent entre eux, blah blah blah... c'est une définition qui a des exceptions et qui est assez compliquée. Sur la page suivante de son lvre "Population, Espèces et Evolution", il écrit que le concept d'espèce a une signification très importante d'un point de vue évolutif : l'existence de pools de gènes protégés. En fait, cela veut dire qu'une espèce est un groupe de gènes qui évoluent ensemble et ne se mélangent normalement pas avec les autres (tout au moins il existe des mécanismes qui limitent ses échanges). Cela veut dire que les individus d'une même espèce seront plus proches entre eux génétiquement que des individus des autres espèces.
Ca correspond à la théorie du barre-coding dans laquelle les scientifiques utilisent 5 ou 6 gènes différents et des données morphométriques pour détecter des espèces dans leurs échantillons. Ils analysent séparément leurs données moléculaires et morpho et les comparent ensuite pour voir si ça colle ou pas. Ensuite ils décident du nombre d'espèces dans leurs échantillons. Je suis sceptique par rapport à cette méthode car ça marche très bien sur des espèces qui divergent depuis assez longtemps (y compris des espèces cryptiques), mais j'ai de gros doutes sur les espèces qui divergent depuis peu. De plus beaucoup de scientifiques utilisent encore seulement l'ADN mitochondrial parce qu'il est facile à séquencer et parce qu'il présente de fortes divergences entre espèces (du fait d'une petite taille effective, seules les femelles le transmettent, ce qui fait une taille de population 4 fois inférieure à celle de l'ADN nucléaire présent en deux copies et transmis à la fois par les mâles et les femelles, donc x2x2 donc une divergence plus lente et un polymorphisme plus important pour le nucléaire). Mais l'ADN mitochondrial peut être soumis à sélection et refléter autre chose. De plus il peut passer d'une espèce à une autre par hybridation. C'est pour cela que de plus en plus de gens utilisent un ou plusieurs gènes mitochondriaux et surtout plusieurs gènes nucléaires. Si un gène ne donne pas les mêmes résultats que les autres, c'est qu'il y a un problème (il faut éliminer le gène problématique et si possible identifier la raison du problème). Si ils donnent tous les même résultat, ça roule et on peut tenter de définir les espèces.
Il existe d'autres méthodes, par exemple celle implantée dans le logiciel 'structure'. Tu définis les génotypes de plusieurs individus, par exemple 100 individus avec 15 locus microsatellites (des bouts d'ADN qui ne codent rien, évoluent vite et qui sont en principe neutres, ce sont des répétitions de motifs de 2 à 6 paires de bases, par exemple : ACCTGAAGTATATATATATATATATATATATATATGGTCCATCTGA, j'ai mis un bout de l'ADN qui se trouve de chaque côté pour bien montrer à quoi ça correspond). Tu rentrent toutes les données dans le logiciel et tu le fais tourner toute la nuit. Il va te classer les individus en groupes selon leurs génotypes. Tu dois lui dire combien de groupes tu veux, donc en général, tu lui dis d'esayer 1, puis 2, puis 3, puis 4, puis... etc jusqu'au nombre maxi de groupes que tu penses avoir, par exemple 10. Le logiciel n'a comme information que les génotypes des individus, il ne sait pas de où ils viennent ni si ils appartienent à des groupes particuliers et il va essayer de retrouver les groupes qui existent. Il va te dire quel est le nombre de groupes le plus probable et te dire dans quels groupes se trouve chaque individu. Il va même te dire quels sont les hybrides (ils sont classés dans 2 ou 3 groupes différents). A la sortie, tu n'as pas un arbre, ni des distances génétiques mais un classement des individus. C'est une méthode statistique très efficace de plus en plus en vogue et qui ne nécessite aucun à priori.
Une approche beaucoup plus classique, consiste à étudier l'hétérozygotie de tes populations, c'est à dire la fréquence des hétérozygotes (chaque gène est présent en deux copies dans chaque être vivant (sauf des cas particuliers). Les copies peuvent être identiques ou différentes. Lorsqu'elles sont identiques, on est homozygote pour ce gène. Lorsqu'elles sont différentes, on est hétérozygote pour ce gène. )
si les individus de chaque population se reproduisent au hasard entre eux (donc sont de la même espèce ou groupe reproducteur), tu auras une hétérozygotie égale à ce que prédit le modèle de Hardy Weinberg (http://gen-net-pop.univ-lyon1.fr/cours/chap3/index.htm). La statistique Fis mesure la différence entre l'hétérozygotie attendue dans la modèle de Hardy-Weinberg. Si tu as un Fis=0, tu as un groupe reproducteur. Si tu as un Fis >1, tu as un déficit en hétérozygote, ce qui signifie que tes individus ne se reproduisent pas au hasrd et cela peut vouloir dire que tu as deux groupes reproducteurs différents dans ta populations (peut-être deux espèces différentes). Si tu as un Fis<0, tu as un groupe reproducteur, mais tes individus se reproduisent avant tout avec des individus génétiquement différents (par exemple chez les plantes avec les gènes d'incompatibilité).
Après, évidemment il y a toutes les méthodes plus classiques qui consistent à faire des croisements, des expériences de choix de partenaires sexuels, etc... qui apportent aussi des infos, mais qui ne sont pas non plus infaillibles.
Le gros problème de la morphologie, même si ça marche assez bien, c'est que les caractères sont soumis à sélection et au moins pour certains soumis à la plasticité phénotypique. Dans les deux cas, on peut se retrouver avec des différences exagérées ou effacées par les pressions de l'environnement.
| Hulk a écrit: |
Sauf erreur de ma part, les espèces dont l'environnement est très stable n'évoluent pas ou très peu, alors même que leur génome continue à "s'enrichir" de données superflues. A côté de ça, une forte pression de sélection peut conduire à la modification d'un très petit nombre de caractères et des gènes qui y sont liés, et cette modification peut être immense. C'est pour ça que les taxons anciens ont une variabilité génotypique nettement supérieure aux taxons jeunes, et c'est pour ça qu'un taxon ne peut être défini uniquement en termes de durée d'évolution.
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je ne suis pas du tout d'accord avec toi. Ce n'est pas parce qu'un taxon est ancien qu'il possède plus de polymorphisme. Le polymorphisme est le même quelque soit l'âge d'un taxon. D'ailleurs les taxons se succèdent au cours du temps et forment un continuum. Cela voudrait dire que la diversité génétique du monde vivant ne fait qu'augmenter ce qui n'est pas le cas. Le polymorphisme d'une espèce s'explique par la théorie de la coalescence. C'est assez compliqué à expliquer, je vais essayer d'être clair, mais c'est pas évident. l y a un document ici mais qui risque d'en rebuter plus d'un : http://www.univ-tours.fr/genet/fonds_et_images/LIVRE1.GIF
Il est régi par deux choses : la taille de la population et le taux de mutation.
A chaque génération, un allèle a une probabilité X d'augmenter en fréquence ou de diminuer en fréquence dans la population du simple fait du hasard. Un allèle pourra donc disparaître de la population ou remplacer tous les autres allèles simplement par la dérive génétique, c'est-à-dire par le hasard. Le fait qu'allèle remplace tous les autres constitue la fixation de cet allèle. Plus la population est grande plus un allèle se fixera lentement et plus la population est petite plus l'allèle se fixera lentement. Donc plus la population sera grande, plus on aura d'allèles dans cette population.
Plus le taux de mutation sera élevé, plus le nombre d'allèles sera important. Mais également à taux de mutations égaux, il y aura plus de mutations dans une grande populations que dans une petite. Le polymorphisme observé dans une population ou une espèce ne dépend donc que du nombre d'individus et du taux de mutations. Pas de son âge. La composition génétique observée aujourd'hui dans une espèce donnée n'est qu'une transition, c'est un état provisoire qui évolue en permanence. Cette composition sera remplacée progressivement par une autre produite par les mutations. Mais le taux de polymorphisme reste constant tant que la taille de la population ne change pas et que le taux de mutations ne change pas.
| Hulk a écrit: |
Une fois de plus, je ne suis pas en train de remettre en cause l'utilité des méthodes moléculaires, mais d'insister sur le fait que c'est le point que je viens d'évoquer qui doit être le fil conducteur du raisonnement, et pas le seul fait de répondre à des statistiques plus ou moins élaborées. Si l'espèce était définissable uniquement par des statistiques, ça se saurait, et toi-même n'aurais aucune raison d'être réticent vis-à-vis d'un "code-barre" spécifique. |
ne t'inquiètes pas, j'avais bien compris tes interrogations. Mais à aucun moment je n'ai dit que le concept d'espèce était définissable à partir des statistiques. Mais on utilise des statistiques pour comparer les données observées avec ce qui est attendu d'après les modèles théoriques et ensuite conclure en identifiant les espèces. Ce ne sont que des outils pour étayer un raisonnement évolutif. |
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gogonne
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Numéro AFC : 1917.18
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| Posté le: 21 Oct 2006 21:39 Sujet du message: |
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| Séb_59 a écrit: | Salut,
Mais le taux de polymorphisme reste constant tant que la taille de la population ne change pas et que le taux de mutations ne change pas.
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et la pression du milieu ?
sinon tu m'as convaincu sur pas mal de point seb . (mais je t'aime toujours Hulk, Edgar c'était une aventure)
sinon un truc me chiffonne : c'est l'ADN mitochondrial. Comme il n'est transmis que par la femelle (dans l'ovocyte) si une cochonne se tape un gars qu'elle devrait pas ... ça sert à quoi d'étudier cet ADN pour la spéciation ?
_________________
.... si j'étais Dieu, je ne croirais pas en moi, mais si j'étais moi ... j'me méfierais !
En ces temps difficiles, il convient d'accorder notre mépris avec parcimonie, tant nombreux sont les nécessiteux. |
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Hulk
Inscrit le: 09 Oct 2002
Messages: 1504
Localisation: Île-de-France
Numéro AFC : 161.92
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| Posté le: 23 Oct 2006 13:43 Sujet du message: |
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| Séb_59 a écrit: |
tu confonds deux choses.
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Non, je ne confonds pas, justement. J'ai fait le constat que tu bases ta définition de l'espèce sur la diversité génétique avant l'isolement reproducteur, et tes développements confirment cette impression. Ton exemple des guppys est explicite en ce sens. C'est exactement là que je voulais en venir, sauf que mes conclusions sont différentes. Pour moi, cette petite population de guppys accédera à un statut spécifique très rapidement même si ça peut paraître "injuste" par rappoort à celle distante de 500 km. Tout simplement parce que c'est bel est bien ce genre de micro-phénomènes qui amorcent les processus de spéciation. La diversité génétique n'en est que le terreau. Mais justement, je ne dis pas non plus qu'à la moindre différence un peu marquante, on a affaire à une espèce distincte. Le processus a besoin de temps pour se consolider. Quant à l'analyser de manière objective et rationnelle, d'accord pour chercher des méthodes qui vont dans ce sens, mais -j'insiste-, le fondement du raisonnement reste la recherche d'un vrai isolement sexuel.
| Citation: |
...Je n'accorde pas plus d'importance aux parties neutres du génome, mais ce sont les seules exploitables pour détecter un isolement reproducteur.
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Mais ce ne sont pas forcément les plus significatives, précisément parce qu'elles ne sont pas liées à un isolement reproducteur. D'où mon scepticisme.
| Citation: |
En fait, on part du postulat qu'il existe des espèces et que ces espèces impliquent un certain nombre de choses sur la composition génétique ou phénotypique d'une espèce. Ce sont ces choses que l'on teste.
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| Citation: |
Mayr donne la définition d'une espèce : un ensemble d'individus similaires qui se reproduisent entre eux, blah blah blah... c'est une définition qui a des exceptions et qui est assez compliquée.
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Voilà bien les deux conceptions qui s'opposent. Tu peux définir l'espèce comme tu veux, puisque le concept n'est pas parfaitement rigoureux. Tu opposes donc l'espèce en tant qu'agglomérat de caractères cachés (les gènes) -c'est tout à fait concevable- à l'espèce en tant que pool d'individus se choisissant préférentiellement. Bien sûr que le concept de Mayr est complexe et a des exceptions, mais comme il rend mieux compte du processus de différenciation, il a ma préférence.
| Citation: |
Sur la page suivante de son lvre "Population, Espèces et Evolution", il écrit que le concept d'espèce a une signification très importante d'un point de vue évolutif : l'existence de pools de gènes protégés. En fait, cela veut dire qu'une espèce est un groupe de gènes qui évoluent ensemble et ne se mélangent normalement pas avec les autres (tout au moins il existe des mécanismes qui limitent ses échanges). Cela veut dire que les individus d'une même espèce seront plus proches entre eux génétiquement que des individus des autres espèces.
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En théorie et à terme, oui. En pratique, au cours du processus de spéciation, il est clair que ce n'est pas aussi carré. Ta conception alternative de l'espèce reviendrait à "calibrer" la variabilité génétique de façon à ce qu'elle soit similaire d'une espèce à l'autre. Pour moi, ça ne correspond pas à la réalité observée.
| Citation: |
| Hulk a écrit: |
Sauf erreur de ma part, les espèces dont l'environnement est très stable n'évoluent pas ou très peu, alors même que leur génome continue à "s'enrichir" de données superflues. A côté de ça, une forte pression de sélection peut conduire à la modification d'un très petit nombre de caractères et des gènes qui y sont liés, et cette modification peut être immense. C'est pour ça que les taxons anciens ont une variabilité génotypique nettement supérieure aux taxons jeunes, et c'est pour ça qu'un taxon ne peut être défini uniquement en termes de durée d'évolution.
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je ne suis pas du tout d'accord avec toi. Ce n'est pas parce qu'un taxon est ancien qu'il possède plus de polymorphisme. Le polymorphisme est le même quelque soit l'âge d'un taxon.
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Non, le polymorphisme -génétique- n'est pas le même quel que soit l'âge d'un taxon, sauf si tu t'arranges pour que ta définition d'un taxon corresponde avec cette assertion. Tu es en train d'inverser le raisonnement. D'un point de vue méthodologique, c'est concevable, mais il faut admettre clairement qu'il s'agit d'un changement total par rapport à la notion "historique" d'espèce, et que ça ne correspond pas à une observation humaine "normale". Au bout du compte, la phylogénie est respectée à peu près de la même façon avec les deux méthodes, mais les entités désignées par un taxon -de manière bien souvent arbitraire de toutes façons- seraient différentes d'une méthode à l'autre.
| Citation: |
D'ailleurs les taxons se succèdent au cours du temps et forment un continuum. Cela voudrait dire que la diversité génétique du monde vivant ne fait qu'augmenter ce qui n'est pas le cas.
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Bien sûr que si, la diversité tout court du vivant augmente continuellement à travers les âges géologiques, malgré les phases d'extinctions massives qui font s'effondrer cette diversité à intervalles réguliers. Et la diversité génétique est liée à la diversité biologique.
| Citation: |
...il y aura plus de mutations dans une grande populations que dans une petite.
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Bien entendu. Et c'est bien pour ça que le polymorphisme génétique augmente avec le temps, en tous cas en ce qui concerne le matériel génétique non codant, qui échappe à la sélection. Evidemment, cette augmentation est forcément asymptotique et finit par une stabilisation.
Mais il ne faut pas oublier aussi que plus la population est petite, plus la dérive génétique devient importante. Et cette dérive génétique qui tend à accélérer la spéciation allopatrique.
Pour Gogonne: tu as ma bénédiction pour convoler avec Edgar sans remords. Désolé pour toi, je suis homozygote de l'hétérosexualité. Tous nos voeux de bonheur vous accompagnent. |
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Patapon
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Hulk
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"une nouvelle espèce de mammifère en Europe." Online Posting. 17 Oct 2006 09:02. Cichlidsforum.
11 Oct 2008 19:25. < http://www.cichlidsforum.com/viewtopic.php?t=15720 >. |
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